5月報稅季必看:醫師執行業務所得怎麼報?費用率怎麼算?
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5月報稅季必看:醫師執行業務所得怎麼報?費用率怎麼算?

|✍️ 醫保通顧問團隊📅 2026-04-16⏱ 閱讀約 10 分鐘

四種申報方式、費用率標準、可列報費用一次整理,讓你這次報稅不再霧煞煞

# 5月報稅季必看:醫師執行業務所得怎麼報?費用率怎麼算?

每年5月1日至5月31日,是全台醫師申報綜合所得稅的截止期間。

但很多開業醫師到了這個時候才發現:自己根本不清楚執行業務所得要怎麼算、費用率是多少、哪些支出可以列報、要不要設帳……

這篇文章整合了財政部規定、實務案例與最新費用率標準,幫你在報稅季前把觀念搞清楚。


一、你的所得是「執行業務所得」還是「薪資所得」?

很多醫師以為自己的收入就是「薪水」,但這個判斷直接影響你的申報方式和稅負。

根據財政部規定,所得類別的判斷標準如下:

執業型態所得類別
自行開業(獨資診所)執行業務所得
在醫院受僱上班薪資所得
報備支援醫師視情況(執行業務所得或薪資所得)
合夥診所醫師執行業務所得
為什麼這個差別很重要? 薪資所得有固定的特別扣除額(218,000元),而執行業務所得可以依費用率或實際帳載費用扣除,對費用較多的診所而言,後者通常更有利。

二、執行業務所得的四種申報方式

這是很多醫師最搞不清楚的地方。財政部提供了四種核定方式,適用條件不同,稅負差異也可能相當大。

方式一:查帳核實認列

適用條件: 依法設帳記載、保存憑證,並能提供帳簿文據供調查。 計算方式: 按帳載收入扣除實際費用,核定所得額。

這是最精確的方式,適合費用多、帳務完整的診所。如果你的實際費用率高於財政部公告的費用率標準,設帳查核通常最有利。

方式二:書面審核(書審)

適用條件:
  • 依法設帳申報
  • 申報純益率達各業書審標準以上
  • 醫師業已加入健保或有訪查收入資料
113年度書審純益率標準:
科別書審純益率
中醫師20%
西醫師20%
牙醫師25%
注意: 若有漏報收入超過25萬元,不得適用書審。

方式三:前三年平均純益率核定

適用條件: 設帳申報,且申報純益率達前3年核定平均純益率以上。此方式以連續適用5年為限,第6年須改採查帳核定(申報純益率已達15%以上者除外)。

方式四:費用率申報(未設帳者適用)

適用條件: 未依法設帳、或未能提供帳簿文據者。 計算方式: 收入 × 費用率 = 費用;收入 − 費用 = 所得額 113年度執行業務者費用率標準:
科別費用率所得率
西醫師45%55%
牙醫師40%60%
中醫師40%60%
適合情況: 診所費用少,或實際費用低於費用率標準時,採此方式反而較有利。

三、哪些費用可以列報?

如果你選擇設帳查核,以下是診所常見的合法可列報費用:

人事類: 助理薪資、護理師薪資、員工健保費與勞保費(雇主負擔部分) 場地類: 診所租金(自有場地不可列)、水電費(診所使用部分) 醫材類: 醫療耗材、藥品採購、假牙製作費用(牙醫) 設備類: 醫療設備折舊攤提、裝潢修繕費用 行銷類: 網路廣告費、診所行銷費用 其他: 進修費用、醫療責任險保費、交際費(有上限)、行動電話費(業務相關部分) 不可列報的費用:
  • 個人旅遊費用(非業務相關)
  • 自有店面的租金
  • 無合法憑證的支出
  • 診所負責人個人消費混入診所帳

四、國稅局怎麼查醫師的收入?

了解申報方式之後,更重要的是知道國稅局的查核邏輯。

近年來,牙醫診所、醫美診所是國稅局的重點查核行業。常見查核方式包括:

資金流程查核: 調查診所負責人及配偶的銀行帳戶,比對現金存入與申報收入是否吻合。 醫材進貨勾稽: 透過衛福部食藥署資料,掌握植體、牙冠等醫材的進貨數量,反推診療件數。 健保給付明細勾稽: 健保收入透明,若自費收入與診所規模明顯不符,即會被標記。 網路資訊比對: Google評論數量、預約系統、社群媒體的曝光量,都可能成為查核依據。 真實案例: 北區國稅局曾查核某牙醫診所,發現申報植牙數偏低,調查4年期間現金存入約5,200萬元,認定漏報執行業務所得約2,300萬元,補徵稅額930萬元,並按所漏稅額處罰。

五、報稅前的三個關鍵動作

距離5月31日申報截止,現在最重要的三件事:

第一,確認你的所得類別。 確認自己是執行業務所得還是薪資所得,決定適用哪種申報方式。 第二,盤點今年的費用憑證。 把所有合法憑證(發票、收據、扣繳憑單)整理好,評估是否設帳查核比費用率申報更有利。 第三,確認是否有漏報收入。 若過去有未申報的自費收入,可依稅捐稽徵法第48條之1主動補報補繳,在未被檢舉的情況下可免予處罰,避免日後被查到的罰鍰風險。

結論:報稅不是只有「繳多少」,更是「怎麼申報最合法有利」

很多醫師每年報稅都是交給會計師處理,自己完全不過問。這不是不行,但如果你連基本的申報方式都不了解,就很難判斷顧問給你的建議是否真的最有利。

了解執行業務所得的申報邏輯,是每位開業醫師的基本財商。

如果你想進一步了解自己的診所適合哪種申報方式、費用結構是否合理,或想評估是否有稅務風險——


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